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Amandine Chauviat, doctorante en écologie microbienne | Visages de la science

AAmandine Chauviat, doctorante en écologie microbienne | Visages de la science

Dans le cadre de son dossier sur l’antibiorésistance, Pop’Sciences vous emmène dans le laboratoire d’écologie microbienne à l’Université Claude Bernard Lyon 1. C’est ici que nous rencontrons Amandine Chauviat, doctorante, avec laquelle nous avons enregistré un podcast à propos de son expérience en thèse au laboratoire d’écologie microbienne.

 

Pour commencer, pourriez-vous vous présenter ?

Je m’appelle Amandine Chauviat, j’ai 27 ans et je suis en troisième année de thèse au laboratoire d’écologie microbienne (Université Claude Bernard Lyon 1), au sein de l’équipe Bacterial Efflux and Environnemental Resistance (BEER). Dans notre équipe, nous nous intéressons aux facteurs environnementaux qui favorisent l’émergence de résistance aux antibiotiques.

 

Quel a été votre parcours universitaire ?

Après avoir obtenu mon bac Scientifique en France, je suis parti à l’étranger. J’avais envie d’une expérience à l’étranger, donc j’ai suivi une licence d’immunologie et de microbiologie à l’université de Montréal au Canada. C’était de la microbiologie très orientée sur le domaine médical. Ensuite, je suis revenue en France pour suivre un master de microbiologie, beaucoup plus porté sur le pendant écologique, m’apportant de nouvelles notions que je n’avais pas. J’ai donc fait un M2 MAABE (Microbiologie Appliquée à l’Agroalimentaire, au Biomédical et à l’Environnement), un parcours de microbiologie appliquée pour s’insérer en entreprise.

À cette époque, sans jamais n’avoir fermé la porte à l’idée de faire une thèse, ce n’était pas forcément mon objectif et j’avais envie de voir ce qu’il se passait en entreprise au niveau de la recherche. C’est mon stage de Master 2, en collaboration avec une entreprise cosmétique et le laboratoire dans lequel je suis actuellement, qui a révélé que j’étais faite pour la recherche académique. Au laboratoire, j’ai rencontré une équipe avec qui je m’entendais très bien et avec qui il y avait une forte émulation scientifique. J’ai donc reconsidéré mon envie de faire une thèse. Pour moi, c’était vraiment un besoin d’aller au bout de quelque chose.

Or, ma date de diplomation de master ne me permettait pas de présenter le concours de la bourse doctorale la même année. Le laboratoire m’a donc proposé un CDD d’un an sur un projet de recherche, en qualité d’assistante ingénieure. Ce contrat m’a notamment permis de préparer le concours pour obtenir une bourse de thèse.

Cette bourse doctorale vous a donc permis d’intégrer un laboratoire. Est-ce que vous pouvez nous en dire plus sur cette structure ainsi que sur vos directeurs et directrices de thèse ?

Je suis employée par l’université Claude Bernard Lyon 1, au sein du laboratoire d’écologie microbienne et j’ai deux directeurs de thèse. Sabine Favre-Bonté qui a une formation de microbiologie clinique, avec tout un volet antibiorésistance et qui a ensuite évolué sur des problématiques liées à l’écologie. Sabine est également responsable du parcours MAABE à l’université Claude Bernard.

Mon deuxième co-directeur est Thibaut Meyer, un jeune maître de conférences qui se penche plus sur des questions d’interactions plantes/bactéries et qui travaille aussi sur l’identification de métabolites secondaires. Mes deux directeurs de thèse se combinent donc très bien par rapport à ma thématique de thèse.

 

Comment s’est fait cette rencontre avec vos directeurs de thèse ?

Sabine est la responsable du Master 2 que j’ai suivi, je l’ai donc connue via le master. J’ai eu l’opportunité lors de mon stage de M2 de collaborer avec son équipe de recherche. Ce n’était pas elle qui m’encadrait mais Sylvie Nazaret, qui dirige aujourd’hui ce laboratoire. Thibaut Meyer, pour sa part, a été recruté au tout début de ma thèse, puis a été rattaché à mon sujet de thèse et a très naturellement pris sa place de co-directeur.

 

Pourriez-vous nous résumer votre sujet de thèse ?

Je travaille sur un mécanisme de résistance aux antibiotiques : les pompes à efflux, de petites pompes présentes sur la membrane des bactéries. Ces pompes ont la capacité de rejeter des composés à l’extérieur de la bactérie, dont les antibiotiques. On retrouve dans l’environnement des bactéries qui possèdent ce système de rejet activé et qui sont donc naturellement résistantes aux antibiotiques.

La question qui se pose c’est : quelles sont les conditions et les molécules qui vont induire le fonctionnement des pompes à efflux ? Parce que l’on sait qu’il y a des antibiotiques dans la nature, mais en concentrations trop faibles pour expliquer à elles seules cette résistance aux antibiotiques dans l’environnement.

Moi je travail sur un contexte environnementale bien particulier puisque mon sujet porte sur l’interaction entre les bactéries et les amibes libres. Les amibes sont des protozoaires, des organismes unicellulaires qui vont manger les bactéries. Mais la bactérie sur laquelle je travaille est capable de résister à la phagocytose (le fait d’être absorbée par une amibe) et de se multiplier à l’intérieur des amibes. Les amibes constitueraient donc une niche à l’origine de l’émergence et de la dissémination de l’antibiorésistance. J’essaye d’identifier quelles sont les molécules qui, dans l’interaction avec les amibes, induisent l’expression des pompes à efflux.

Retrouvez l’article d’Amandine Chauviat à propos de son sujet de thèse :

La résistance aux antibiotiques : une problématique environnementale ?

 

Aujourd’hui nous nous intéressons particulièrement à votre expérience en tant que doctorante. Pourriez-vous nous expliquer ce que c’est qu’être doctorante et à quoi ressemblent les journées d’une étudiante en thèse ?

Ce que j’adore c’est qu’il n’y a pas de journée type ! Toutes les journées sont différentes, nous sommes challengés au quotidien, et c’est vraiment quelque chose que j’apprécie et dont j’ai besoin. Les journées sont rythmées par une partie d’expérimentation, l’analyse des résultats et l’interprétation. Selon ce que l’on obtient comme résultats, il faut ensuite recréer de nouvelles expériences, et ce en collaboration très étroite avec mes directeurs de thèses avec qui j’échange énormément. Cette émulation scientifique et le fait de mener mon projet de recherche, c’est ce qui me plait dans ce travail de doctorante. Ensuite j’ai également des activités complémentaires d’enseignements que j’apprécie énormément. Transmettre mes connaissances et être en contact avec les étudiants a été une vraie découverte lors de ma thèse, et ça me motive quotidien.

 

Et qu’est-ce que vous enseignez ?

J’enseigne aux niveaux licences pro, L2 ou L3 en biologie, des TP ou TD qui sont liés à la microbiologie et à l’écologie microbienne.

 

En plus des cours que vous dispensez, avez-vous d’autres activités en dehors de votre thèse ? Vous avez par exemple participé à la rédaction d’un article scientifique en 2021 sur les risques microbiens dans l’industrie cosmétique ?

Cet article est lié à mon stage de M2, un projet qui s’est poursuivi lors de mon CDD avant que je passe le concours. Mais en dehors de mes activités de recherche au sein du laboratoire j’ai été représentante des doctorants pendant une année. Le but était de représenter la voix des doctorants au conseil d’unité et de proposer des suivis du bien être étudiant au sein du laboratoire. J’ai aussi été co-responsable de l’animation scientifique au sein du laboratoire, j’ai proposé des présentations scientifiques, organisé des rencontres avec d’anciens doctorants pour que les doctorants actuels puissent entrevoir les poursuites après thèses.

Je suis assez active à ce niveau-là et grâce à Pop’Sciences j’ai mis le pied dans la vulgarisation scientifique et ça me plait énormément. J’aime beaucoup échanger et transmettre, notamment avec de personnes qui ne font pas forcément parti du monde de la science, des personnes qui n’ont pas la possibilité d’y avoir accès facilement. Je pense que c’est important que tout le monde puisse avoir accès aux connaissances scientifiques, même sur des sujets pointus et complexes.

 

En parlant de l’après thèse, qu’envisagez-vous à l’heure actuelle ?

J’aimerais beaucoup rester dans la recherche académique. J’aime cette liberté de pouvoir mener des projets de recherche. C’est quelque chose qui s’est révélé à moi pendant mon doctorat, donc idéalement, je souhaite partir sur un post-doctorat à l’étranger pour ensuite passer les concours en France afin d’accéder à un poste de maître de conférences. L’enseignement c’est un volet que je ne souhaite pas mettre de côté, j’aime cette balance entre la recherche et l’enseignement.

 

Justement pourriez-vous nous rappeler ce que c’est qu’un post-doctorat ?

Un « post-doc » c’est un contrat de recherche d’un à trois ans, faisant suite au doctorat. Sur un projet de recherche, ces contrats permettent de prendre un peu d’expérience pour ensuite présenter des concours pour accéder à des postes en CDI de la fonction publique.

 

Et vous déjà des pistes, des envies, pour votre futur post-doc ? D’ailleurs, combien de temps vous reste-t-il avant de soutenir votre thèse ?

Normalement je dois soutenir avant décembre 2023, donc l’échéance est proche, elle arrive ! Au niveau des pistes, je suis très attirée par les pays d’Europe du nord, comme le Danemark, la Finlande, la Suède, plus par des attraits culturels de découvrir ces pays. J’ai déjà commencé à identifier des laboratoires qui pourraient m’intéresser, donc le but maintenant c’est de regarder les offres à venir pour terminer mon doctorat.

Pour terminer, que conseilleriez-vous aux aspirantes et aspirants doctorants ?

D’une part, je pense qu’avant de se lancer dans une thèse il faut bien réfléchir sur ce qu’un doctorat peut apporter en plus. Dans le public ou le privé, il faut regarder à quels postes cela permet d’accéder. Beaucoup d’étudiants en master désirent naturellement poursuivre en doctorat sans forcément réfléchir à ce que cela pourrait leur apporter en plus.

Le conseil que j’aurais à donner pour celles et ceux qui se dirigent vers une thèse, c’est de trouver une équipe dans laquelle on se sent bien. Ce sont trois années qui peuvent être difficiles, avec beaucoup de haut et de bas, et lorsqu’on a le soutien de ses directeurs de thèse et de son équipe, ça change tout ! La thèse se passe totalement différemment. Pour ceux qui le veulent vraiment et qui sont sûrs de faire un doctorat, je conseillerais de ne rien lâcher. Il y a plein de types de financements différents. Si c’est vraiment ce qu’ils veulent, ils finiront par trouver leur place quelque part. Ne pas perdre espoir, suivre les offres et postuler.

 

Auriez-vous une dernière anecdote, un souvenir à nous partager ?

Lorsqu’on apprend que l’on a eu la bourse de thèse, c’est une grande fierté ! Et quand les articles sont acceptés pour publication ce sont aussi de grands moments de joies que l’on célèbre. Et tous les moments du quotidien qui font que l’on est heureux de venir au travail le matin. Nous avons des pauses café, des pauses le midi où nous échangeons beaucoup, beaucoup d’émulation scientifique. Toutes les rencontres que l’on peut faire au travers du doctorat et de stages à l’étranger, on rencontre pleins de personnes qui travaillent sur pleins de thématiques différentes. Énormément de souvenirs !

PPour aller plus loin

Résistance aux médicaments : la recherche en quête de solutions, un dossier Pop’Sciences – CNRS – 23 mai 2023.

Ateliers BARCamp

AAteliers BARCamp

©BU Sciences Lyon 1

Le principe des ateliers BARCamp – Bienvenue à la Recherche – est de permettre aux doctorants ou jeunes chercheurs de présenter en une dizaine de minutes leur sujet de thèse à un public non initié et de valoriser l’activité de recherche auprès du public étudiant, dans un format moins conventionnel que les séminaires ou journées d’étude.

Ce mardi 5 avril, 2 doctorants vous présenteront leurs travaux :

 

  • Jérémie Bouvier est doctorant au Laboratoire Interuniversitaire de Biologie de la Motricité (LIBM). Ses recherches portent sur la caractérisation des propriétés mécaniques des muscles ischio-jambiers chez la femme sportive, en lien avec l’activité physique et le cycle menstruel.
  • Amandine Chauviat est doctorante au Laboratoire d’Ecologie Microbienne au sein de l’équipe Bacterial Efflux and Environnemental Resistance (BEER). Elle travaille sur les pompes à efflux RND de Stenotrophomonas maltophilia et leur implication dans l’émergence de l’antibiorésistance dans l’environnement. Retrouvez l’article d’Amandine Chauviat à propos de son sujet de thèse sur Pop’Sciences.

 

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BU sciences lyon 1

Géologue : la passion du sol, la variété des métiers

GGéologue : la passion du sol, la variété des métiers

Qui n’a jamais ramassé de cailloux en s’interrogeant sur leur matière, leur formation, leur histoire ? Derrière une discipline qui peut paraître poussiéreuse avec ses fossiles, la géologie révèle des champs de connaissance très divers. De la découverte de nos origines lointaines à la découverte d’autres vies ailleurs en passant par la préservation de nos sols et sous-sols, le terrain de recherche et les objectifs sont vastes… Portraits de chercheurs, professeurs et scientifiques qui ont gardé en tête, leurs questions d’enfant !

A la conquête de Mars !

Un amas de cratères sur Mars

Cathy Quantin-Nataf. Passionnée par les montagnes, la petite fille ramassait des cailloux avec intérêt sans même savoir qu’un jour, ce sont les roches de Mars qu’elle découvrirait. Cette enseignante chercheuse, planétologue de 43 ans s’intéresse à la composition des roches sur Mars pour savoir si la vie a pu émerger… Et si oui : où et quand ? « il n’y a pas de végétation sur mars donc la géologie se lit facilement ». Ainsi Cathy a supervisé la mission du choix du site d’atterrissage du Rover (robot -laboratoire) sur Mars. Depuis janvier 2019, l’exploration des roches et la détection des mesures se fait à distance ; aujourd’hui elle fait partie de l’équipe qui analyse les données et les publie dans des revues scientifiques. La terre de Mars abonde de traces d’écoulement d’eau, un environnement qui a sans doute été favorable à l’apparition de la vie. La prochaine mission dite 20-20 menée par une équipe californienne est de ramener des échantillons de Mars sur Terre ! Cathy reste en contact avec les équipes de cette mission quotidiennement.

Quand elle n’encadre pas ses élèves à l’Université, elle est connectée en permanence pour donner ou suivre des conférences. « Peu encouragée par mes professeurs à l’école malgré mes très bons résultats, je ne m’imaginais pas être chercheur. Je n’étais pas non plus férue de science-fiction. C’est à l’Université que l’horizon s’est ouvert. J’ai un master de géophysique puis j’ai poursuivi en doctorat, mon moteur est la connaissance et la science, c’est fascinant d’être exploratrice. C’est comme si j’avais la mission de Christophe Colomb ! ». A la question de se sentir utile, elle répond qu’elle avait hésité avec la médecine car passionnée par les sciences du vivant globalement. En temps d’épidémie de Covid, elle regretterait presque. Ce sont les questions fondamentales qui continuent d’émerveiller Cathy : sommes-nous seuls dans l’univers ? N’y aurait-il pas d’autres combinaisons de molécules dans les matières carbonées pour faire de la vie ?

Pour en savoir plus :

 

A la recherche des tous premiers animaux !

Jean Vannier, paléontologue, son objectif depuis l’enfance : connaître l’origine du monde animal. A 62 ans, la question passionne toujours le chercheur qui fouille les sols datant d’un demi-milliard d’années, période du Cambrien. Cette période est marquée par la découverte des premiers fossiles animaux, des organismes marins. D’abord fixes, ces ancêtres de crustacés appelés ostracodes, se seraient mis à se déplacer. « Les restes fossiles, c’est en Chine, en Russie, au Canada que l’on peut le mieux les saisir » assure Jean. D’abord parti au Japon après son doctorat, il a sillonné le monde à la recherche de gisements et pour établir des collaborations internationales. Les apports de chacun et de son équipe ainsi que les technologies redéfinissent le métier né au 19ème siècle où le chercheur œuvrait seul. Aussi lorsqu’un fossile est découvert aujourd’hui, on peut explorer l’intérieur à l’aide de la microtomographie (technique d’imagerie 3D) sans ouvrir ou détériorer l’objet, se réjouit Jean.

La peluche (grandeur nature) représente le plus gros prédateur du Cambrien : l’anomalocaris (500 millions d’années).

La double formation géologie/biologie lui profite : comprendre comment les fossiles ont été conservés et quels sont les minéraux et sédiments qui ont permis de les conserver restent les objets de questionnement du scientifique et pour cela, il se rapproche de la biologie. Pour tester ses hypothèses sur l’origine de la mobilité animale, il doit pourvoir utiliser le génome des espèces actuelles et établir des déductions à propos de l’ADN sur des possibles  liens de parenté entre les espèces. Finalement pour sa thèse, Jean n’aura pas hésité très longtemps entre la tectonique des plaques et les ostracodes, « c’est comme la généalogie, c’est prenant, on reconstitue notre histoire, notre origine ». Et des ostracodes, il y en a même au Parc de la Tête d’Or à Lyon !

Pour en savoir plus :

 

De la recherche appliquée !

Étienne Cossart, ce n’est pas tant le sous-sol que son interprétation paysagère qui est à l’origine de la passion de Étienne Cossart, 41 ans.

Géomorphologue, le chercheur travaille sur l’érosion, il fait rimer ses 2 domaines de cœur : la géographie et la géologie. Ne pensant d’abord pas se diriger dans l’enseignement supérieur et la recherche, Etienne Cossard opte pour la poursuite d’études longues avec une thèse sur l’érosion comme enregistrement des variations glaciaires sur le secteur de Briançon (Alpes du sud), soit : comment la déglaciation a un signal érosif particulier. L’amour de la montagne l’a conduit à s’intéresser à ces questions et à toujours les creuser, comme par exemple, l’origine anthropique (conséquence de la présence humaine) de l’érosion dans les pratiques des viticulteurs et agriculteurs. « Il faut sortir du schéma de causalité binaire, du type : dès qu’il y a des agriculteurs, il y a défrichement, c’est plus complexe que cela ». Préserver la ressource du sol est un défi déterminant et insuffisamment médiatisé d’après lui.

Etienne Cossart étudie dans quelle mesure les signaux érosifs enregistrent les changements climatiques (Alpes, Islande) et les effets de pratiques anthropiques (terroirs viticoles, notamment).

Étienne a été encouragé : sa directrice de thèse tout d’abord puis les rencontres qui jalonnent son parcours, constituent un cercle vertueux pour atteindre ce niveau. Aujourd’hui c’est lui qui forme les étudiants. Professeur des Universités, il encadre leur travail et leur impulse des objectifs. La recherche fondamentale doit être valorisée, elle est utile pour la société et ses enjeux contemporains à savoir : le problème de gestion des ressources des sols, la sensibilisation au réchauffement climatique…  De la recherche fondamentale oui, mais avec des retombées sociales. Les étudiants apprennent à se forger une vision dépassionnée. Avec ses trois casquettes, Étienne jongle entre l’enseignement, la recherche et la gestion de la recherche ; cela lui convient bien, il est très attaché à faire progresser sa discipline… La formation et la diffusion du savoir lui tiennent à cœur.

Pour en savoir plus :

 

Les mystères du temps profond

Guillaume Suan, enseignant-chercheur en géologie, est spécialisé dans les liens entre changements environnementaux et perturbations géochimiques globales dans les temps anciens.

Autre chercheur en géologie : Guillaume Suan