Avec ses 100 000 milliards de bactéries, virus et autres micro-organismes, notre microbiote intestinal n’est pas seulement indispensable à la digestion. On lui découvre aujourd’hui un rôle toujours plus influent sur le système immunitaire, la croissance, et des maladies comme la dépression, le diabète ou la maladie de Crohn.

Longtemps cantonné au rôle de tuyauterie où transitent des aliments, le tube digestif a définitivement gagné ses galons d’organe noble et multifonctionnel. Promu « deuxième cerveau », fort de ses 500 millions de neurones répartis tout le long, notre intestin héberge en effet une foule de bactéries, phages, archées, virus et autres champignons non pathogènes affairés à notre bien-être quotidien. Ces 100 000 milliards de micro-organismes, qui se forment durant l’accouchement à partir de la flore fécale et vaginale maternelle, logent pour l’essentiel dans l’intestin grêle et le côlon, représentent plus de la moitié de nos cellules, et pèsent jusqu’à deux kilogrammes chez l’adulte. Baptisé « microbiote intestinal », cet écosystème n’en finit pas d’intriguer les biologistes.

« Le séquençage haut débit de l’ADN a déjà permis d’identifier plus de mille espèces microbiennes différentes dans l’intestin humain (le métagénome intestinal), mais certaines séquences génétiques ne correspondent à aucune espèce connue, pointe François Leulier, directeur de l’Institut de génomique fonctionnelle de Lyon. Nous sommes donc encore loin de connaître tous les acteurs de cette communauté ». Les interactions qui lient ces microbes entre eux, et celles existant entre cette population et son hôte, sont également constellées de points d’interrogations…

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