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Nos animaux de compagnie peuvent-ils contracter la COVID-19 ?

NNos animaux de compagnie peuvent-ils contracter la COVID-19 ?

Grâce à l’implication de différents chercheurs et partenaires, en particulier le soutien financier « action COVID-19 » de l’IDEX Lyon dans le cadre du Programme Investissements d’Avenir (ANR-16-IDEX-0005), un projet de recherche en épidémiologie et santé publique vétérinaire a pu voir le jour à VetAgro Sup, le projet COVIDAC (COVID-19 et Animaux de Compagnie).

Le projet COVIDAC, coordonné par les Dr Vincent Legros, Emilie Krafft et Angeli Kodjo et rassemblant des médecins vétérinaires et des chercheurs du Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), du laboratoire d’analyses vétérinaires (LAV) et de plusieurs services du Centre hospitalier Vétérinaire animaux de compagnie de VetAgro Sup, vise à clarifier le rôle potentiel des animaux de compagnie (chien, chat) vis-à-vis du SARS-CoV-2, l’agent responsable de la pandémie de COVID-19, dans un contexte épidémique massif observé aujourd’hui en Europe et particulièrement en France.

La première étude publiée en 2020 par cette équipe pluridisciplinaire en santé humaine et animale dans la revue One Health, a montré qu’une proportion relativement élevée de chiens et de chats particulièrement exposés au virus avaient été infectés par le SARS-CoV-2 (i.e. possédant des anticorps mais sans avoir eu de symptômes). En effet, parmi les chiens et les chats vivant dans un foyer où au moins une personne avait été diagnostiquée COVID-19+, plus d’un animal sur cinq possédaient des anticorps anti SARS-CoV-2, ce qui représente un taux 8 fois plus important que celui retrouvé dans la population générale de chiens et de chats. Les conclusions de cette étude pionnières ont depuis été confirmées par d’autres travaux réalisés dans d’autres pays.

Les animaux domestiques vivant au contact d’humains COVID-19 positifs ont 8 fois plus de risque de posséder des anticorps spécifiques du SARS-CoV-2.

La question du rôle potentiel des animaux de compagnie dans l’épidémiologie du SARS-CoV-2 a en effet fait l’objet d’une attention très précoce suite à l’émergence du virus fin 2019, à la fois en raison de la probable origine animale du virus mais aussi de l’existence de coronavirus proches circulant déjà chez les animaux domestiques. L’absence de risque lié aux animaux domestiques a rapidement fait consensus, malgré la démonstration que ceux-ci (notamment les chats) pouvaient, en laboratoire, transmettre le virus à leurs congénères ainsi que l’identification sporadique d’animaux infectés à Hong-Kong et en Belgique puis dans de nombreux autres pays (France, États-Unis, Espagne, Italie, Irlande, Japon…).

©VetAgro Sup

L’infection des animaux domestiques par le SARS-CoV-2 est largement asymptomatique.

Afin d’évaluer l’intensité de la circulation du SARS-CoV-2 parmi les animaux domestiques, l’équipe de chercheurs a prélevé des échantillons sanguins sur deux groupes d’animaux : le premier groupe dont les 47 animaux (13 chiens et 34 chats) étaient considérés comme à risque élevé car issus d’un foyer dans lequel a minima un cas de COVID-19 humain avait été diagnostiqué. Le second, à risque modéré, était constitué de 38 animaux (16 chats et 22 chiens) dont le statut des propriétaires était inconnu. Les deux groupes d’animaux ont été prélevés entre les mois de mai et juin 2020. Parmi les animaux à risque modéré, seul un chat présentait des anticorps contre le SARSCoV-2. En revanche, dans le groupe à risque élevé, plus de 20 % des animaux (8 chats et 2 chiens sur les 47 animaux) se sont révélés positifs, ce qui suggère une circulation virale plus importante qu’anticipée initialement. Ces infections ne se sont pas traduites par la présence de signes cliniques, ce qui confirme que l’infection des animaux domestiques par le SARS-CoV-2 est largement asymptomatique en conditions naturelles.

Le risque de transmission du SARS-CoV-2 d’un animal à l’humain est négligeable.

Cette enquête sérologique ne permet pas d’identifier de manière catégorique l’origine de la contamination, mais le fait que le risque pour un carnivore domestique d’être infecté par le SARS-CoV-2 soit 8,1 fois plus élevé s’il réside chez une personne positive au COVID-19 constitue un fort argument de l’origine humaine de l’infection. Il est donc établi que les chiens et les chats peuvent être infectés par le SARS-CoV-2 dans des conditions naturelles mais il est très rare qu’ils tombent malades. L’une des inconnues qui persistait était le risque que ces animaux pouvaient représenter pour l’humain. Pour préciser cela, VetAgro Sup a travaillé avec le Centre International de Recherche en Infectiologie à Lyon, l’Institut de Recherche pour le Développement à Montpellier et le Centre Hospitalo-Universitaire de Caen. Entre avril 2020 et avril 2021, afin de rechercher des traces du virus, des échantillons de salive ont été prélevés chez les animaux reçus dans les cliniques de VetAgro Sup avec l’accord de leur propriétaire. Plusieurs centaines de prélèvements ont ainsi été analysés et ont montré que le risque de transmission du SARS-CoV-2 d’un animal à l’humain est négligeable.

Article publié sur le site Viruses, Journal de virologie en « Open access », le 3 septembre 2021.

>> Pour en savoir plus :

Article Covidac   Article en anglais

Auteurs de l’étude : Émilie Krafft, Solène Denolly, Bertrand Boson, Sophie Angelloz-Pessey, Sophie Levaltier, Nicolas Nesi, Sandrine Corbet, Bryce Leterrier, Matthieu Fritz, Eric M. Leroy, Meriadeg Ar Gouilh, François-Loïc Cosset, Angeli Kodjo et Vincent Legros.

Voyages d’affaires, low cost… Le Covid a bousculé le secteur du transport longue distance | The Conversation

VVoyages d’affaires, low cost… Le Covid a bousculé le secteur du transport longue distance | The Conversation

La SNCF s’attend à un été de tous les records. Dans un communiqué publié le 30 juin dernier, elle avançait le chiffre de 9,5 millions de billets longue distance déjà réservés, soit 10 % de plus qu’en 2019. Les mois de mai et juin avaient eux aussi déjà affiché des scores supérieurs à l’avant-crise.

Certes, les craintes liées à la pandémie, si elles n’ont pas disparu, se sont estompées et la promiscuité dans les transports effraie moins. Mais ce chiffre estival traduit-il un simple retour à la normale ou bien nous dit-il autre chose ? […]

Article publié par The Conversation le 20 juillet 2022

Auteur : Florent Laroche, Maître de conférence en économie, Université Lumière Lyon 2.

>> Lire la suite de l’article sur :

The Conversation

Les pertes d’odorat du Covid-19 : quel impact sur nos émotions ? | Pop’Sciences Mag #10

LLes pertes d’odorat du Covid-19 : quel impact sur nos émotions ? | Pop’Sciences Mag #10

Parfum d’une rose, odeur d’herbes fraîchement tondues, effluves d’un plat en train de mijoter … Et si tout cela disparaissait ? Avec l’épidémie de Covid-19, les pertes d’odorat ont été mises sur le devant de la scène. Bien que d’apparence bénigne, ces troubles sont complexes et peuvent bouleverser nos vies dans de nombreux aspects, jusqu’à affecter nos émotions quotidiennes.

Camille Ferdenzi-Lemaitre et Moustafa Bensafi, chercheurs au Centre de Recherche en Neurosciences de Lyon, ont entrepris une enquête sur ces pertes d’olfaction dues au Covid-19 et leur impact sur la qualité de vie des patients. Ils ont ainsi obtenu plus de 3000 témoignages d’avril 2020 à janvier 2021 et ont publié leurs résultats dans Chemical Senses en juin 2021. Ils reviennent avec nous sur ce phénomène.

Interview issue du Pop’Sciences Mag #10 : Sous l’emprise des émotions

Propos recueillis par Samantha Dizier   |   mars 2022

De manière générale, les troubles de l’odorat sont-ils courants ?

Moustafa Bensafi : Avant la pandémie, les études montraient qu’il y avait environ 20 % de la population mondiale qui était affecté par un dérèglement de l’olfaction. Ces troubles peuvent apparaître pour de multiples raisons, une des causes principales étant une infection virale, comme un rhume ou une grippe. Ils sont majoritairement partiels : c’est l’hyposmie, une perte fragmentaire de l’odorat, qu’on pourrait qualifier de myopie olfactive. L’anosmie, la perte d’odorat totale, ne touche qu’entre 1 et 5 % de la population mondiale. Elle concerne essentiellement des personnes âgées. Il s’agit alors d’un vieillissement des fonctions sensorielles, appelé presbyosmie.

Pourquoi le Covid-19 produit-il des pertes d’odorat ?

Camille Ferdenzi-Lemaitre : Le virus du SARS-Cov-2 va, tout d’abord, entraîner un gonflement des muqueuses qui tapissent la cavité nasale, comme dans le cas d’un rhume. Ce gonflement va empêcher les molécules d’arriver jusqu’aux récepteurs des odeurs au travers de la fente olfactive. Ce phénomène se résorbe assez rapidement après le début de la maladie, avec ou sans prise d’anti-inflammatoire. Mais le virus peut également attaquer des cellules de la muqueuse olfactive, aussi appelée épithélium. Dans cette muqueuse, plusieurs types de cellules peuvent être affectées par le Covid-19. Il y a, tout d’abord, les neurones olfactifs qui possèdent les récepteurs permettant de fixer les molécules odorantes et qui ont pour rôle de transmettre l’information olfactive à notre cerveau. Viennent, ensuite, les cellules de soutien qui sont essentielles au bon fonctionnement de l’épithélium. Et plus profondément dans la muqueuse, se trouvent des cellules basales. Ce sont des cellules souches qui ont la capacité de se transformer en d’autres types de cellules, tels que des neurones olfactifs pour permettre leur régénération. Ce sont alors principalement les cellules de soutien et les cellules basales qui peuvent être attaquées par le virus. Nous n’avons pas encore de preuves que les neurones olfactifs soient directement infectés. L’atteinte de ces types de cellules par le virus permet d’expliquer la sévérité de l’atteinte olfactive pour les pertes d’odorat persistantes dans la durée. Nous supposons que lorsque les cellules basales sont attaquées, cela va compromettre la régénération des neurones olfactifs.

Comment se traduisent ces pertes d’odorat chez les patients ?

Camille Ferdenzi-Lemaitre : En 2020 et 2021, entre 50 et 80 % des européens qui ayant contracté le Covid-19 ont souffert de troubles de l’odorat. Il s’agit souvent de pertes de l’olfaction qui sont brutales et souvent totales. Le rapport habituel entre les anosmies et les hyposmies est inversé : nous avons pu évaluer qu’il y avait jusqu’à 80 % des cas qui étaient des anosmies. Nos résultats montrent que les patients récupèrent en moyenne au bout de 16 jours. Mais pour certains, les troubles peuvent persister pendant très longtemps. Une étude de février 2022 montre que douze mois après l’infection, il restait 7 % de patients atteints de déficits olfactifs. Il y a des gens qui ont encore des problèmes d’odorat depuis mars 2020 et il est difficile de savoir s’il leur sera possible de récupérer ce sens un jour.

En 2020 et 2021, entre 50 et 80 % des européens qui ayant contracté le Covid-19 ont souffert de troubles de l’odorat. Il s’agit souvent de pertes de l’olfaction qui sont brutales et souvent totales. @seemurph18

Moustafa Bensafi : De manière générale, il ne s’agit plus d’anosmie pour les troubles persistants. L’olfaction revient dans la grande majorité des cas, mais d’autres phénomènes peuvent se manifester : les parosmies et les phantosmies. Les parosmies sont une perception faussée de l’odeur, tandis que les phantosmies sont une perception d’une senteur qui n’est pas réellement présente. Les pertes et les récupérations de l’odorat ne sont donc pas binaires. Il y a une mosaïque d’altérations qualitatives et quantitatives, qui semble couvrir tout le champ des possibles.

Comment cela impacte-t-il notre quotidien ?

Camille Ferdenzi-Lemaitre : Ces dérèglements de l’odorat perturbent grandement notre qualité de vie, car ce sens a trois grandes fonctions. La première fonction est une fonction d’alarme. Il nous permet de détecter des dangers potentiels : fuite de gaz, départ de feu, aliment avarié. Quand on perd cette fonction, on est davantage susceptible d’avoir des accidents domestiques ou de s’intoxiquer. La deuxième fonction est alimentaire. Ce que nous appelons le goût d’un aliment, c’est surtout de l’odorat. Les récepteurs de la langue ne nous donnent accès qu’au salé, sucré, acide, amer et umami. Tout ce qui fait l’arôme d’une fraise, d’un café ou d’un chocolat, ce sont des molécules volatiles qui remontent par l’arrière du nez et qui vont stimuler la muqueuse olfactive. Quand on perd l’odorat, on perd ainsi une dimension énorme de la perception de l’aliment et donc le plaisir alimentaire. Ce qui a des répercussions. On va essayer de compenser ce manque de plaisir : on met plus du sucre, plus du sel. Si le phénomène s’installe dans le temps, cela peut donc conduire à des répercussions sur l’état de santé. La troisième fonction de notre olfaction est la sphère sociale. Nous n’en sommes pas conscients, mais les odeurs des personnes sont très importantes dans nos relations aux autres tels que l’attachement familial, l’attraction sexuelle. Quand nous perdons cette dimension-là, c’est une part affective et émotionnelle de notre vie sociale qui disparaît. Dans notre étude, 73 % des patients soulèvent que cette perte d’odorat est incapacitante. Néanmoins, il y aussi certaines personnes qui n’en souffrent pas du tout.

Quel lien y a-t-il alors avec nos émotions ?

Camille Ferdenzi-Lemaitre : L’olfaction a une dimension émotionnelle très forte dans notre quotidien, en particulier pour ce qui nous procure du plaisir : l’alimentation, une promenade dans une forêt, certaines interactions sociales…. Au niveau neuroanatomique, il y a des connexions directes entre le système olfactif et les aires cérébrales impliquées dans les émotions. Contrairement aux autres sens pour lesquels il y a davantage d’intermédiaires. L’amygdale est, par exemple, une aire cérébrale est très impliquée dans les émotions et qui a des connexions directes avec le cortex olfactif. Les odeurs ont alors une forte valence émotionnelle.

Moustafa Bensafi : Quand on perd l’odorat, on perd également l’accès à certains souvenirs. L’olfaction est un véritable lien avec la mémoire. Le fait de ne plus pouvoir sentir le gâteau que nous préparait notre maman quand on était petit va nous faire perdre une source d’accès à ce souvenir.

Camille Ferdenzi-Lemaitre : Tous ces désagréments, qui impactent notre qualité de vie, peuvent mener à des symptômes dépressifs. Ces pertes d’odorat affectent votre sphère personnelle. Mais cela peut aussi affecter votre sphère professionnelle pour les métiers où les odeurs sont au centre du travail, comme les parfumeurs, les cuisiniers, les œnologues. Une étude de 2014 montrait que les symptômes dépressifs touchaient à peu près un tiers des personnes qui ont ce type de troubles.

Comment se fait la prise en charge médicale ?

Moustafa Bensafi : Aujourd’hui, il est compliqué d’établir un diagnostic pour les praticiens. Il existe des tests olfactifs standardisés, mais ils sont peu répandus. Il y a également une méconnaissance du trouble olfactif dans le milieu médical. La perte d’odorat a longtemps été considérée comme un indice, un aiguillage vers le diagnostic du Covid-19. Mais il n’était pas considéré comme un véritable symptôme à traiter. Quand il est alors pris en compte, il y a plusieurs traitements possibles. Il y a, tout d’abord, la médication comme des stéroïdes, des anti-inflammatoires. Dans certains cas, on peut également avoir recours à de la chirurgie lorsqu’il y a une obstruction des voies nasales – ce qui n’est pas le cas pour le Covid-19. Et vient, enfin, l’entraînement olfactif, qui fonctionne chez une certaine proportion de la population. Pour l’anosmie post-virale, 30 à 40 % de personnes récupèrent leur odorat sans entraînement et on peut monter jusqu’à 60 – 70 % avec un entraînement.

Camille Ferdenzi-Lemaitre : Un entraînement peut être mis en place simplement avec ce que nous avons dans nos placards. Nous avons ainsi établi un protocole où il est possible d’utiliser du dentifrice, des aliments, du gel douche. Il faut alors les sentir tous les jours et pendant au moins 12 semaines. Etant donné qu’il s’agit d’une régénération du système nerveux, les progrès sont très lents et ne sont pas visibles immédiatement. Ce qui peut mettre à l’épreuve la motivation des patients. Il serait alors important de mettre en place un accompagnement médical. En 2020 et 2021, seulement 4 % des consultations de médecins généralistes recommandaient des entraînements olfactifs.

Moustafa Bensafi : Nous sommes en train de développer une nouvelle solution pour les patients pour lesquels aucune autre méthode n’aurait fonctionné. Dans le cadre du programme Pathfinder Pilot du Conseil européen de l’innovation H2020, le projet ROSE va développer une nouvelle génération de nez artificiel. Nous voulons établir une preuve de concept d’un système qui capterait des molécules odorantes et enverrait un signal au système olfactif. Ce dispositif permettrait de déterminer s’il y a une molécule odorante et si cette molécule odorante est différente d’une autre molécule. Par exemple, si nous arrivions à une discrimination entre une fleur et un fruit, cela serait déjà une grande réussite.

Lexique des pertes de l’odorat :

  • Anosmie : absence totale d’odorat
  • Hyposmie : perte partielle de l’odorat
  • Normosmie : perception olfactive dans la norme d’une population
  • Parosmie : perception déformée des odeurs
  • Phantosmie ou fantosmie : perception d’odeurs en l’absence de stimulus olfactif

Pour aller plus loin :

 

 

Comment améliorer l’efficacité des vaccins ?

CComment améliorer l’efficacité des vaccins ?

L’arrivée des vaccins à ARN messager et leur utilisation massive face au SARS-CoV-2 ont apporté de nouvelles données sur la qualité de la réponse immunitaire. Selon l’immunologue Stéphane Paul, il pourrait être plus efficace de combiner différents types de vaccins, mais aussi de les administrer autrement…

Explications dans ce podcast issu de la série La parole à la science du CNRS.

Intervenant : Stéphane Paul, professeur d’immunologie à l’Université Jean Monnet, praticien hospitalier au CHU de Saint-Étienne, responsable d’équipe au Centre international de recherche en infectiologie à Lyon, et membre du comité scientifique Vaccins Covid-19.

Rêver pendant le confinement

RRêver pendant le confinement

Quel impact le confinement a-t-il eu sur nos vies ? De quoi avons-nous rêvé ? Quelles métaphores le rêve a-t-il utilisées pour représenter cette situation inédite, sans frontière, menaçante et anxiogène ? Qu’est-ce que ces rêves nous disent sur le ressenti des Français(e)s pendant cette période, sur les enjeux de notre époque ?

Cet ouvrage propose de répondre à ces questions à partir des résultats de l’enquête en ligne Confinement, Sommeil et Rêves lancée le 6 avril 2020 dans toute le France et menée par l’équipe de Perrine Ruby au Centre de recherche en neurosciences de Lyon.

L’analyse de plus de 3 000 réponses permet d’estimer l’impact quantitatif et qualitatif que la crise sanitaire et le confinement ont eu sur nos vies, nos rêves, nos âmes. Cette enquête a mis en lumière de nombreuses modifications des modes de vie (e.g. sommeil, exercice, sexe, tabac, alcool). Pour ce qui est des rêves, ils ont été plus négatifs qu’habituellement ou, au contraire, plus positifs. Les métaphores oniriques ont révélé des ressentis et aspirations communs aux quatre coins de la France (e.g. inquiétude, impuissance, soumission). L’indignation, la colère et l’injustice sourdent de tous ces témoignages intimes, ainsi que la volonté de résistance et l’aspiration à des jours meilleurs, plus verts, plus libres, plus collectifs, plus ensemble.

Auteure : Perrine Ruby – « Ce que le rêve nous apprend sur le vécu des Françaises et des Français », paru le 18 nov. 2021, essai (broché), edp sciences. (EAN : 978-2759825417)

Covid-19 et effets sur le quotidien : participez à l’enquête !

CCovid-19 et effets sur le quotidien : participez à l’enquête !

Vous avez été atteint de la Covid-19 ? Des chercheurs du CNRS ont lancé un questionnaire pour mieux comprendre l’impact de la maladie sur la vie quotidienne et les besoins des personnes. Vous aussi, participez à la recherche !

A ce jour, plus de 100 millions de personnes ont été touchées par la Covid-19 dans le monde. La connaissance de la maladie a largement évolué entre la déclaration de la pandémie début 2020, et aujourd’hui. Aux symptômes connus en début de pandémie sont venus s’ajouter de nouveaux symptômes parfois persistants.

Si vous avez été atteint de la Covid-19, que vous soyez guéri ou non, aidez les chercheurs à mieux comprendre les effets de la maladie sur le quotidien et les besoins des personnes en répondant au questionnaire conçu par le Centre de recherche en neurosciences de Lyon.

Ce questionnaire ne vous prendra que 10 à 15 minutes pour y répondre. Les chercheur.e.s vous remercient par avance de votre participation à la recherche.

Participer à l’enquête

SSe documenter

De nombreux contenus sur le sujet de la Covid sont à votre disposition :

Les expériences du monde | Cours commun du CHEL[s]

LLes expériences du monde | Cours commun du CHEL[s]

Depuis mars 2020, nous vivons une expérience collective : cohabiter avec le covid-19. L’expérience commence avec la surprise devant une situation inédite, puis tâtonne pour découvrir les moyens d’en sortir et reprendre le fil de nos activités. Tout au long de notre vie, les expériences apportent une contribution décisive à la connaissance du monde et de soi.

Expérience du mouvement, de l’autre, expérience religieuse ou de la musique, ce cours commun du CHEL[s] – Collège des Hautes Études Lyon Science[s], nous permettra de mieux comprendre les dimensions psychologiques, cognitives, esthétiques et politiques de notre expérience du monde en croisant plusieurs regards autour d’une thématique commune, enjeu de société.

Ce cours commun rassemble des enseignant-chercheurs issus des établissements du CHEL[s] disposant chacun d’une séance de 2h pour exprimer son point de vue et ses pistes de réflexion.Il est ouvert aux étudiants du CHEL[s] et au grand public.

En savoir plus :

CHEL[s]

>> Diffusé en direct et en différé sur la chaîne Youtube du CHEL[s]

Traitements contre le Covid-19 : les scientifiques affûtent leurs armes

TTraitements contre le Covid-19 : les scientifiques affûtent leurs armes

De nombreux travaux sont menés dans les laboratoires pour mettre au point des médicaments contre le SARS-CoV-2. De nouvelles stratégies thérapeutiques, qui visent le virus ou les protéines cellulaires qu’il parvient à détourner à son profit, sont à l’essai et pourraient apporter des traitements plus efficaces et adaptés aux patients.

Au Centre international de recherche en infectiologie (CIRI) à Lyon, l’équipe VirPath puise dans l’arsenal pharmaceutique déjà disponible pour y rechercher une molécule efficace contre le Covid-19 et explore la piste de l’immunothérapie.

Lire l’article sur CNRS le Journal

De la variole à la Covid, les vaccins : entre peurs, espoirs et raison | Un dossier Pop’Sciences

DDe la variole à la Covid, les vaccins : entre peurs, espoirs et raison | Un dossier Pop’Sciences

De la paillasse au blister, comment concevoir un vaccin ? À quoi s’intéresse un vaccinologue ? Comment s’inscrivent les vaccins contre la Covid dans l’histoire vaccinale ? Voici quelques-unes des questions abordées dans ce dossier sur les vaccins, mêlant enquêtes, interviews, podcasts et vidéo.

Près d’une vingtaine sur la ligne d’arrivée au mois de février 2021, ils sont encore plus de 30 à s’en approcher cet été. Eux, ce sont les vaccins contre la Covid. Une des clés, essentielle, afin de venir à bout de la pandémie. Ils illustrent une prouesse inédite : en moins d’un an, plusieurs vaccins, disponibles sur le marché, nous ont permis d’envisager une stratégie vaccinale à l’échelle nationale. Mais cette success story ne va pas sans heurt, peur ou déboires.

Les premiers vaccins mis au point contre la Covid sont dits à ARN messager, une technologie encore jamais proposée à l’Homme, mais déclarée efficace pour protéger nos aînés. Difficile d’écarter ce doute : cette rapidité de mise au point s’est-elle faite au détriment de notre sécurité ? Et ces vaccins, sont-ils la réponse idéale, alors que des variants au coronavirus semblent vouloir se jouer des solutions vaccinales et défier les scientifiques par leur capacité d’adaptation ? Que penser des effets secondaires ? Etc. Face à ces interrogations, le propos de tout à chacun doit rester humble, car l’expérience que nous faisons aujourd’hui est celle de la science en marche.

L’objectif de ce dossier est d’apporter un éclairage sur les vaccins, à travers ce que nous en disent les sciences. Son intention : fournir des clefs de compréhension pour que chacun d’entre nous puisse se forger sa propre opinion sur ce thème, et tout particulièrement sur le sujet délicat de la vaccination contre la Covid-19.

Pour construire ce dossier, Pop’Sciences est allé interroger des chercheuses et chercheurs du territoire connus pour leur expertise sur les vaccins.
Il est le fruit d’un travail d’enquête journalistique de plusieurs mois, s’attachant à offrir une synthèse de l’état des connaissances tout en suivant les évolutions de l’actualité.

Il contient des articles augmentés de podcasts et vidéos.

LLes articles du dossier

  • Vaccins : mode d’emploi

Recourir au vaccin ? Les clés pour comprendre. Partie 1 : du principe à la conception d’un vaccin
Publié le 2 juin 2021 – Lire l’article

Recourir au vaccin ? Les clés pour comprendre. Partie 2 : des différentes techniques vaccinales à l’évaluation de leur efficacité
Publié le 2 juin 2021 – Lire l’article

Bronchiolite du nourrisson : l’exemple d’un vaccin en cours de développement sur Lyon
Publié le 2 juin 2021 – Lire l’article

« Nous avons besoin de vaccinologues présents dans tous les pays »
Publié le 2 juin 2021 – Lire l’article

 

  • La méfiance vaccinale

L’histoire des vaccins et de leurs mouvements contestataires | Frise chronologique interactive
Publié le 22 juin 2021 – Lire l’article

La méfiance vaccinale : une attitude aux multiples facettes | Poster interactif
Publié le 22 juin 2021 – Lire l’article

La frise et le poster ont été réalisés dans le cadre d’un projet tutoré par Pop’Sciences, par 4 étudiantes du Master Information et Médiation Scientifique et Technique (IMST) de l’Université Claude Bernard Lyon 1 : Clémence Lascombes, Maëlys Liseron-Monfils, Silvia Pampani et Jocelyne Robin. Les articles ont été co-rédigés par Caroline Depecker.

 

  • Les originalités apportées par la Covid

Un an pour fabriquer les vaccins Covid : une prouesse qui s’explique
Publié le 13 juillet 2021 – Lire l’article

Des essais cliniques vaccinaux toujours d’actualité pour la Covid-19, à Lyon et ailleurs
Publié le 13 juillet 2021 – Lire l’article

 

  • La problématique des variants du SARS-CoV-2

Quand les variants bousculent l’effort vaccinal

Publié le 24 juillet 2021 – Lire l’article

 

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Les PODCASTS ET VIDEO du dossier

> Réaction vaccinale ou effets secondaires, le système immunitaire aux commandes – Publié le 2 juin 2021

> L’infodémiologie : une science nouvelle pour gérer l’information autour des vaccins – Publié le 2 juin 2021

> Des tissus respiratoires humains pour de nouveaux médicaments – Publié le 2 juin 2021

> Que savons-nous de la sécurité des vaccins ARNm ? – Publié le 19 juillet 2021

> Adapter les vaccins à l’évolution des pathogènes – Publié le 24 juillet 2021

             > L’accès universel aux vaccins : comment vacciner le monde ? – Publié le 24 juillet 2021

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MMerci !

Ce dossier a été réalisé grâce à la collaboration de différents chercheuses et chercheurs en sciences de l’Université de Lyon. Nous les remercions pour le temps qu’ils nous accordé.

  • Nathalie Davoust-Nataf, immunologiste, enseignante-chercheuse au Laboratoire de Biologie et de Modélisation de la Cellule (ENS Lyon)
  • Hélène Dutartre, infectiologue, enseignante-chercheuse au CIRI (INSERM, ENS Lyon, CNRS, Université Claude Bernard Lyon 1)
  • Emma Petiot, virologue et chercheuse plateforme 3D-Lab (Université Claude Bernard Lyon 1)
  • Manuel Rosa-Calatravra, co-directeur laboratoire VirPath et chercheur au CIRI (INSERM, ENS Lyon, CNRS, Université Claude Bernard Lyon 1)
  • Michèle Ottmann, virologue, chercheuse au laboratoire VirPath (INSERM, ENS Lyon, CNRS, Université Claude Bernard Lyon 1)
  • Christine Delprat, professeure en immunologie et chercheure au CRCL (Université Claude Bernard Lyon 1)
  • Altan Yavuz, pharmacien et chercheur doctorant au LBTI (CNRS, Université Claude Bernard Lyon 1)
  • Sergio Linares, chercheur doctorant au LBTI (CNRS, Université Claude Bernard Lyon 1)
  • Olivier Morin, maître de conférences et directeur adjoint au laboratoire S2HEP (Université Claude Bernard Lyon 1)
  • Baptiste Baylac-Paouly, historien et enseignant-chercheur au laboratoire S2HEP (Université Claude Bernard Lyon 1)
  • Stéphane Paul, professeur et praticien hospitalier en vaccinologie et immunologie à la faculté de médecine de l’Université Jean Monnet Saint-Etienne, chef d’équipe au CIRI (INSERM, ENS Lyon, CNRS, Université Claude Bernard Lyon 1) et membre du comité vaccins Covid-19
  • Anne-Marie Moulin, spécialiste en médecine tropicale et santé publique internationale, agrégée de philosophie, chercheuse au laboratoire SPHERE (CNRS, Université Paris-La Sorbonne)

Un dossier rédigé par : Caroline Depecker, journaliste scientifique – Pôle éditorial Pop’Sciences.
Les articles portant sur le thème de la méfiance vaccinale ont été réalisés et co-rédigés par 4 étudiantes du Master Information et Médiation Scientifique et Technique (IMST) de l’Université Claude Bernard Lyon 1 : Clémence Lascombes, Maëlys Liseron-Monfils, Silvia Pampani et Jocelyne Robin, dans le cadre d’un projet tutoré par Pop’Sciences (encadrement : Patricia Lamy, responsable éditoriale, Caroline Depecker et Gaëlle Veillaux, professeur documentaliste, référente ressources scolaires).

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PPour aller plus loin

  • Vaccination, Covid et société :

Comment sont élaborées les recommandations vaccinales ? Sciences pour tous, Université Claude Bernard Lyon 1, 31-05-2021

[Covid-19] L’efficacité des vaccins, une comparaison risquée, Sciences pour tous, Université Claude Bernard Lyon 1, 31-05-2021

L’hésitation vaccinale, comment en débattre à l’école ? Sciences pour tous, Université Claude Bernard Lyon 1, 14-01-2021

Fake news : pourquoi la communication scientifique doit évoluer, article Pop’Sciences, Cléo Schweyer, 14-05-2020

 

  • Covid et santé :

Avec la Covid-19, on met enfin le nez sur la perte de l’odorat, CNRS Le Journal, 4-03-2021

Covid-19 et cerveau : oui, le virus peut infecter les neurones, Cortex Mag, 28-01-2021

[Regards sur…] Covid : quelles conséquences sur notre santé ? Présentation d’une recherche en cours, Regards sur…, Université Lumière Lyon 2, 4-06-2020

Le système immunitaire et infection par le SARS-CoV2, Inserm, vidéo, 9-06-2021

Covid19 et Cohorte Co-survivor, Inserm, vidéo, 12-07-2021

Covid19, activités physiques et sommeil : quels impacts, quels changements ?, Inserm, vidéo, 9-06-2021

Covid19 et obésité, Inserm, vidéo, 12-07-2021

Quand les variants bousculent l’effort vaccinal

QQuand les variants bousculent l’effort vaccinal

Article #9 du dossier Pop’Sciences « De la variole à la Covid, les vaccins… »

Sous l’effet du variant Delta, plus contagieux, l’épidémie repart en France, à tel point que l’exécutif parle désormais d’une quatrième vague. Dans cette course de vitesse entre variants et vaccins, en sortirons-nous gagnants ? L’histoire n’est pas écrite mais l’issue positive est inexorable. Qui dépend de la vitesse à laquelle nous nous immunisons.

Un article de Caroline Depecker, journaliste scientifique
pour Pop’Sciences – 24 juillet 2021

«Nous sommes entrés dans une quatrième vague du virus», a lancé le porte-parole du gouvernement Gabriel Attal au sortir d’une conférence de presse consacrée au pass sanitaire, lundi 19 juillet dernier, expliquant que «la dynamique de l’épidémie est extrêmement forte, avec une vague plus rapide et une pente plus raide que toutes les précédentes». Le tableau de bord Covid-19 communiqué par les autorités à cette date concorde : le nombre de nouveaux cas quotidiens dépasse la barre symbolique des 10 000, reflétant l’augmentation de 133% du taux d’incidence au cours des 7 derniers jours (108 personnes infectées par semaine pour 100 000 habitants). En cohérence, le taux de reproduction R du virus est de 1,6, traduisant la reprise épidémique.

Celle-ci s’explique par la progression du variant Delta qui, à la date du 22 juillet, représente 80% des nouvelles contaminations en France, d’après le dernier bulletin de la Haute autorité sanitaire (HAS).

taux de présence du virus Delta en France le 23/07/21

Présence de la mutation L452R (Delta) en France mi-juillet © HAS

Un variant Delta plus contagieux que tous les autres

Ce variant est apparu en Inde et s’est propagé lors de la terrible vague de coronavirus qui y a sévi au mois d’avril. Il est présent aujourd’hui dans 80 pays environ, d’après la plateforme de collaboration génomique Gisaid, et progresse rapidement un peu partout dans le monde. Quasi inexistant en France mi-mai (il représentait 0,2% des prélèvements analysés), le variant Delta supplante progressivement le variant Alpha, majoritaire dans notre pays, car il est 40% à 60% plus contagieux que ce dernier, qui présentait lui-même une contagiosité 50% plus élevée que le virus d’origine ayant déclenché la maladie.
Cité par le quotidien Le Temps, Francis Balloux, spécialiste de l’évolution des virus à l’University College de Londres souligne que, sans la circulation du variant Delta, « les Etats-Unis et l’Europe seraient probablement sortis de la pandémie. Le taux de vaccination et les conditions climatiques ne permettraient plus la transmission d’un variant moins contagieux ».

Variant détecté en Angleterre (Alpha), dans le sud de l’Afrique (Beta), au Brésil (Gamma) ou en Inde (Delta), le virus de la Covid-19 mute sans surprise. En effet, ses mutations suivent un cheminement naturel dont l’objectif est d’assurer simplement sa survie. Elles aboutissent à l’apparition de lignées de virus différentes qui, au gré des avantages sélectifs apportées par les modifications génomiques, arrivent à perdurer, sans poser de problème particulier. Au total, quelques dizaines de lignées du coronavirus existeraient ainsi dans le monde.


Comment apparaissent les mutations et peut-on les contourner ?
Parole donnée à Michèle Ottmann, vaccins (4/5) : adapter les vaccins à l’évolution des virus

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L’affaire se complique quand les mutations présentes sur la lignée sont susceptibles d’affecter :
– la transmissibilité du virus (la facilité avec laquelle il se propage),
– la gravité de la maladie,
– la capacité du mutant à échapper à l’immunité (conférée par une infection antérieure ou par la vaccination),
– ou encore la possibilité d’échapper aux tests diagnostics.
C’est le cas des mutations E484K, E484Q et L452R portées, dans différentes mesures, par les quatre variants cités plus haut. Ce qui leur vaut d’ailleurs d’être qualifiés de « variants préoccupants » par la HAS (ou « VOC, variants of concern par l’OMS).

Ces variants préoccupants contournent-ils la vaccination ?

La bonne nouvelle, c’est que l’efficacité des vaccins disponibles en France aujourd’hui (à savoir Comirnaty® de Pfizer/BioNTech, ARNm-1273® de Moderna, Vaxzevria® de AstraZeneca et celui de Janssen) reste très largement conservée contre les variants Alpha, Beta et Gamma (petit bémol avec le vaccin d’AstraZeneca qui induirait une protection insuffisante contre le variant apparu au Brésil).
Pour ce qui est du variant Delta, objet des attentions du moment, les nouvelles sont plutôt rassurantes de ce point de vue. Une étude menée par Public Health England a conclu ainsi qu’avec deux doses de vaccin Pfizer/BioNTech, une personne est protégée à 88% contre les symptômes du variant Delta. Avec le vaccin AstraZeneca, la protection semble moindre, de l’ordre de 60%.

Y’aura-t-il une fin à la phase pandémique ? Une question d’immunité collective

Oui, c’est l’espoir qu’on peut former. Commentés par le magazine Sciences et Avenir en avril dernier, des travaux de chercheurs américains permettent d’envisager une banalisation du SARS-CoV-2 au fur et à mesure que la population s’immunise, que cela soit par la vaccination ou l’infection. De pandémique, le virus deviendrait endémique et saisonnier, épousant le comportement de ses cousins « cornonavirus du rhume ». Cité dans le même article, Bruno Lina, responsable du Centre national de référence des virus respiratoires à Lyon et membre du conseil scientifique Covid, qualifie ce scénario d’« inexorable ». Tout en reconnaissant qu’aucun « calendrier n’existe » pour en prédire l’arrivée.

Pour que le virus de la Covid-19 s’assimile à un rhume ou à une grippe saisonnière, il faut que la population s’immunise.  Elle l’est, pour l’instant de façon insuffisante. En France, au 23 juillet, seuls 48% des personnes ont rempli le schéma vaccinal complet. Face à l’expansion nouvelle du variant Delta, l’objectif à atteindre a alors été rehaussé à 80% (non plus 60%) dans l’espoir d’atteindre l’immunité collective sensée nous permettre de mettre fin à l’épidémie.

En mai dernier, dans The Conversation, Ed Feil, professeur en microbiologie à l’université de Bath (Royaume-Uni) précise le rôle joué par la contamination dans la dynamique d’apparition des variants. Pour lui : « la probabilité d’événements évolutifs rares conduisant à l’émergence de nouveaux variants préoccupants augmente avec le nombre de personnes infectées ». Vacciner le plus rapidement possible reste donc une priorité.
Il ajoute que, s’il est difficile de prévoir comment pourrait évoluer le SARS-CoV-2, « il est impératif de maintenir le nombre de cas aussi bas que possible partout dans le monde, car les nouveaux variants ne respectent aucune frontière ». Autant d’un point de vue géographique qu’évolutif, notamment en ce qui concerne l’adoption d’une virulence accrue.

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