La génomique est la branche de la biologie qui étudie l’ensemble du matériel génétique d’un organisme, codé dans son ADN. L’analyse et le décodage de ce génome permet aujourd’hui des avancées dans les domaines de la médecine, de la biologie, de l’écologie ou des biotechnologies. La recherche spécifique de séquences particulières dans cet immense « livre génétique » et l’interprétation de leur rôle dans l’histoire du vivant est maintenant facilité par l’usage d’algorithmes d’intelligence artificielle dont le développement est le sujet d’intenses recherches.

Explication de Laurent Jacob, chercheur en intelligence artificielle pour la génomique au Laboratoire de Biologie computationnelle, quantitative et synthétique en collaboration avec des membres du Laboratoire de Biométrie et biologie évolutive.

Les génomes de tous les organismes hébergent des parasites appelés éléments transposables, des fragments d’ADN capables de se déplacer d’une région à une autre du génome. Lorsqu’ils sont actifs, ils menacent l’intégrité des génomes en causant des mutations. À la manière des anticorps chez les mammifères, les drosophiles disposent d’une arme de défense, l’interférence ARN, qui permet à la fois de neutraliser ces éléments transposables et de se défendre contre les infections virales.

Mais que se passe-t-il lorsque les individus sont soumis à ces deux assaillants en même temps ? L’une des lignes de défense prend-elle le pas sur l’autre ? Pour répondre à cette question, des scientifiques du Laboratoire de biométrie biologie évolutive utilisent la drosophile pour étudier ces conflits génomiques et leurs conséquences évolutives.

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