Dans leur article paru en 2011, l’équipe du Dr. Marie Larsson a ajouté une importante pierre à l’édifice de la compréhension de la dépression du système immunitaire qui fait suite à l’infection par le VIH.

Ces chercheurs ont mis en évidence un véritable scénario Hollywoodien, dans lequel des particules du VIH, à l’image des héros du film Independence Day, s’introduisent dans les cellules immunitaires pour saboter la coordination du système immunitaire, causant sa perte.

> À lire dans son intégralité sur :

PAPIER-MÂCHÉ

Près de 2 000 ans après l’âge d’or des haruspices, ces devins prétendant lire l’avenir dans les entrailles de divers animaux, une équipe de recherche de l’Institut Pasteur remet cette discipline ésotérique au goût du jour en tentant de lire la dynamique de l’épidémie de Chikungunya… dans les méandres des glandes salivaires des moustiques ! Explications…

> À lire dans son intégralité sur :

Papier-Mâché

De nombreux travaux sont menés dans les laboratoires pour mettre au point des médicaments contre le SARS-CoV-2. De nouvelles stratégies thérapeutiques, qui visent le virus ou les protéines cellulaires qu’il parvient à détourner à son profit, sont à l’essai et pourraient apporter des traitements plus efficaces et adaptés aux patients.

Au Centre international de recherche en infectiologie (CIRI) à Lyon, l’équipe VirPath puise dans l’arsenal pharmaceutique déjà disponible pour y rechercher une molécule efficace contre le Covid-19 et explore la piste de l’immunothérapie.

Lire l’article sur CNRS le Journal

Podcasts et vidéo du dossier Pop’Sciences « De la variole à la Covid, les vaccins…« 

Début juin 2021, 41% des Français ont reçu au moins une dose d’un vaccin Covid, la moitié d’entre eux ont fait leur rappel. Alors qu’elle s’est accélérée, la campagne de vaccination permet d’envisager un été avec plus de légèreté. Mais, la sérénité n’est pas forcément de mise pour tous et de nombreuses questions demeurent.
Nous les avons explorées avec les chercheuses et chercheurs experts du territoire : leur éclairage enrichit un dossier Pop’Sciences sur les vaccins, mêlant articles, podcasts et vidéos.

> Les podcasts et la vidéo du dossier sont directement accessibles sur cette page.

• Réaction vaccinale ou effets secondaires, le système immunitaire aux commandes – Publié le 2 juin 2021

L’immunité innée et adaptative sont liées, l’une ne fonctionne pas sans l’autre et permettent à chacun d’entre nous de se préparer à l’infection par un pathogène. La réponse immunitaire innée est responsable de la réaction au vaccin : douleur, inflammation, fièvre… qui sont des symptômes positifs. Les effets indésirables, eux, engagent des processus qu’on ne peut anticiper avant la campagne vaccinale, et qu’il faut considérer avec prudence pour s’assurer que la balance bénéfices/risques reste en faveur de la vaccination.

Les explications de : Nathalie Davoust-Nataf, chercheuse en immunologie au Laboratoire de Biologie et de Modélisation de la Cellule (ENS de Lyon)

Pour en savoir plus >> Recourir au vaccin ? Les clés pour comprendre- Partie 1

• L’infodémiologie : une science nouvelle pour gérer l’information autour des vaccins – Publié le 2 juin
  

Mai 2021, 7 Français sur 10 se déclaraient prêts à se faire vacciner contre la Covid-19. Ce chiffre était de 4 sur 10 en décembre, au début de la campagne de vaccination. Ce meilleur score n’indique pas forcément que nous avons davantage confiance envers les vaccins, il reflète avant tout l’envie profonde de chacun à sortir de cette crise. La vaccination vue en quelque sorte avec résignation. Mésinformation, désinformation… L’excès d’informations brouille le discours posé des vaccinologues. Une science nouvelle pourrait les aider à aplanir cette difficulté : elle s’appelle l’infodémiologie.

Les explications de : Christine Delprat, chercheuse en immunologie au Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UCBL) et coordinatrice du master LIVE.

Pour en savoir plus >> Nous avons besoin d’un réseau de vaccinologues présents dans tous les pays.

• Des tissus respiratoires humains pour de nouveaux médicaments – Publié le 2 juin
  

VirPath, le laboratoire de virologie et de pathologie humaine de Lyon, utilise des tissus respiratoires humains reconstitués pour mesurer comment un vaccin stimule le système immunitaire. De façon générale, ces modèles permettent de tester l’efficacité des molécules à caractère thérapeutique contre les virus respiratoires. Leur emploi a été déterminant dans la recherche de médicaments contre le SARS-Cov-2. Parce qu’ils sont prédictifs, ces modèles permettraient de réduire le nombre de tests sur animaux.

Les explications de : Manuel Rosa-Calatrava, virologue, co-directeur du Laboratoire de Virologie et Pathologie Respiratoire Humaine du CIRI (INSERM / CNRS / UCBL).

Pour en savoir plus >> Bronchiolite du nourrisson : l’exemple d’un vaccin en cours de développement sur Lyon.

• Que savons-nous de la sécurité des vaccins ARNm ? – Publié le 19 juillet

Entre ARN et ADN, l’écriture de ces deux mots ne contient qu’une lettre de différence. Est-ce pour cela que d’aucun craigne une possible modification de notre patrimoine génétique ? Ces vaccins sont sous l’œil vigilant des instances réglementaires quant à leurs effets secondaires. Faisons-le point sur leur sécurité.

Les explications de : Altan Yavouz, chercheur-doctorant au Laboratoire de Biologie tissulaire et Ingénierie Thérapeutique (UCBL).

Pour en savoir plus >> Un an pour fabriquer les vaccins Covid : une prouesse qui s’explique.

• Adapter les vaccins à l’évolution des virus – Publié le 24 juillet

Les variants Covid posent question : leur vitesse d’évolution et surtout de propagation complique la tâche des fabricants qui doivent s’assurer que l’efficacité de leurs vaccins perdure. Le processus de mutation virale est naturel. Dans le cas du virus Influenza, responsable de la grippe, ces mutations engendrent une grippe dite « saisonnière » à laquelle les industriels ont su s’adapter. Pour le virus du sida, c’est un véritable casse-tête.

Les explications de : Michèle Ottmann, virologue chercheuse au Laboratoire de Virologie et Pathologie Respiratoire Humaine du CIRI (INSERM / CNRS / UCBL).

Pour en savoir plus >> Quand les variants bousculent l’effort vaccinal.

• L’accès universel aux vaccins : comment vacciner le monde ? – Publié le 24 juillet

Pour endiguer la pandémie, il faut empêcher le coronavirus de circuler. Une solution pour cela: la vaccination massive. Si l’on veut atteindre l’immunité collective de la sorte, à l’échelle de la planète, il faudrait administrer 11 milliards de doses de vaccins anti-Covid. Mi-juillet 2021, 3,4 milliards de doses avaient été ainsi administrées dont 14% seulement dans les pays à bas revenus. Cette inégalité flagrante s’explique pour des raisons financières, mais pas que. L’accès aux vaccins dans les pays peu développés soulèvent des questions relatives à l’histoire d’une politique de santé publique imposée par la gouvernance mondiale. Zoom sur la réalité de la vaccination dans les pays aux ressources limitées et aux préoccupations autres.

Les explications de : Anne-Marie Moulin, spécialiste de médecine tropicale et de santé publique internationale, agrégée de philosophie, chercheuse au laboratoire SPHERE (CNRS / Université La Sorbonne).

Pour en savoir plus >> Des essais cliniques vaccinaux toujours d’actualité pour la Covid-19, à Lyon et ailleurs.

Consulter l’integralité du dossier pop’sciences sur les vaccins

Article #3 du dossier Pop’Sciences « De la variole à la Covid, les vaccins…« 

En pointe dans la recherche contre les maladies infectieuses respiratoires, VirPath, le laboratoire de virologie et de pathologie humaine de Lyon, rattaché au Centre International de Recherche en Infectiologie, est un laboratoire qui innove. Il est à l’origine de la création de Vaxxel, une start-up qui s’est lancée en 2019 dans la course aux vaccins contre les pathogènes responsables de la bronchiolite du nourrisson et de pneumopathies sévères chez les séniors.
Comment développer un candidat vaccin du laboratoire jusqu’au premier essai clinique ? L’exemple de la jeune pousse lyonnaise.

Un article de Caroline Depecker, journaliste scientifique
pour Pop’Sciences – 2 juin 2021

Métapneumovirus (hMPV) vu en microcopie électronique @ E. Errazuriz-Cerda /UCBL ; J.Dubois/Vaxxel ; M. Rosa-Calatrava/VirPath

Le métapneumovirus humain (hMPV) et le virus respiratoires synclinal humain (hVRS) sont deux virus respiratoires cousins qui provoquent chaque année, respectivement 17 et 33 millions de cas d’infections aigues des voies respiratoires, surtout chez les jeunes enfants et les personnes âgées. Aujourd’hui, aucun traitement thérapeutique efficace, ni vaccin, n’existe sur le marché pour lutter contre ces infections virales qui sont à l’origine de la bronchiolite du nourrisson et représentent la première cause de mortalité infantile à l’échelle mondiale. Mais des résultats expérimentaux, obtenus en 2018 par le laboratoire VirPath^(a), pourraient changer la donne : immunisées à l’aide d’un virus hMPV vivant atténué, des souris ne développent aucun symptôme de maladie si on
leur inocule ensuite le virus sauvage, c’est-à-dire le virus présent naturellement dans l’environnement. Vérification avait été faite auparavant, par les chercheurs, que les souris vaccinées à l’aide de ce virus atténué ne développaient aucune pathologie et produisaient bien des anticorps neutralisants vis-à-vis de ce dernier. Avec cette dernière expérience, les scientifiques tenaient leur preuve de concept préclinique : ils avaient entre les mains un candidat vaccin contre la bronchiolite. Restait maintenant à le développer.

L’aboutissement de 10 années de recherche et d’innovations

« L’origine du candidat vaccin remonte aux années 2010, se souvient Manuel Rosa Calatrava, directeur de recherche Inserm et co-directeur du laboratoire VirPath. Nous avions initié alors un travail sur le hMPV en collaboration avec Guy Boivin, directeur d’un laboratoire de recherche similaire au nôtre au CHU de Québec (Canada). Ce scientifique avait isolé, chez un patient, une souche virale dont les capacités à se répliquer et à infecter les cellules étaient particulièrement efficaces, ce qui avait attiré son attention ».

Epithélium respiratoire humain reconstitué d’origine nasal vu en microscopie électronique @ E. Errazuriz-Cerda/UCBL ; M. Rosa-Calatrava/VirPath

Au cours de leurs travaux communs, les équipes des deux laboratoires enchaînent les étapes : après avoir décrit la souche clinique virale, qui répond au « doux nom » de C-85473, ils en manipulent le génome de sorte à pouvoir la modeler à façon. Puis ils éliminent deux de ses gènes, activés lorsque le virus se réplique. Suite à cette opération, la virulence du virus hMPV génétiquement modifié diminue considérablement : il ne se multiplie que très peu dans les organismes vivants. Parallèlement aux expériences conduites sur les souris, les scientifiques observent aussi que le virus atténué stimule bien toujours la production de molécules médiatrices de l’immunité, mais non celles témoignant d’un processus inflammatoire, lorsqu’on le soumet à des tests impliquant des tissus respiratoires humains reconstitués [vidéo ci-dessous ].

Le métapneumovirus isolé et génétiquement modifié dans sa version non pathogène constitue la base virale nécessaire à la fabrication d’un vaccin : ce qu’on appelle une plateforme vaccinale. Baptisée « Metavac® », elle a fait l’objet de plusieurs dépôts de brevet, propriétés des différentes tutelles de VirPath et du laboratoire québécois, et a impulsé la création de Vaxxel en 2019. « Au sein du laboratoire, nous privilégions une stratégie partenariale, non seulement avec le monde académique, mais également avec de nombreux acteurs socio-économiques, explique Manuel Rosa-Calatrava. Cette politique de valorisation de la recherche et de transfert technologique vers la clinique et l’industrie constitue « l’ADN de VirPath » [voir encadré]. C’est grâce à elle qu’est née Vaxxel ».
L’année de sa création, la start-up porteuse du projet de vaccin contre les pneumovirus a été lauréate du concours i-Lab^(b) visant à soutenir les meilleures initiatives issues de la recherche scientifique publique en matière d’innovation. Un label Deep Tech qui a procuré à la jeune pousse visibilité et début de financement (270 000 € via Bpifrance) pour aborder la course d’endurance dans laquelle elle venait de se laner.

Produire des virus de qualité pharmaceutique

« Nous avons réalisé, en 2021, une première levée de fonds de 700 000 €, commente Denis Cavert, directeur général de Vaxxel. Ce qui nous permet de démarrer le développement du candidat vaccin ».  Pour ce spécialiste des vaccins, qui cumule quinze ans d’expérience chez Sanofi et Baxter, la première étape importante consiste « à préparer la banque de cellules maîtresse à partir de laquelle seront préparés les différents lots de virus, à chaque fois à l’identique. Début 2022, nous devrions avoir obtenu auprès des autorités réglementaires la certification que notre banque cellulaire est de qualité et de sécurité suffisantes ». En effet, en tant que médicament, un vaccin se doit d’être fabriqué selon les normes très strictes de l’industrie pharmaceutique. On estime ainsi à 70% le temps consacré aux centaines de contrôles qualité obligatoires lors du processus de fabrication d’un vaccin.
En 2020, Vaxxel a acquis la propriété de la lignée cellulaire DuckCelt®-T17 auprès de Transgène, une entreprise de biotechnologie connue pour ses innovations en matière de vaccins thérapeutiques. Intérêt de cette lignée de cellules de canard qui se cultive en suspension et sans sérum : elle permet la multiplication des métapneumovirus en fermenteur* et son mode de production peut aisément être transposé du stade pilote à l’échelle industrielle.

Une laborantine prélève des virus de leur milieu de culture (fermenteur) @ Visée.A

L’ambition de Vaxxel : accompagner le développement de Metavac® jusqu’à la fin de l‘essai clinique de phase 1, au cours duquel des tests seront réalisés sur un petit groupe de personnes pour vérifier la bonne tolérance au médicament et récolter quelques éléments sur sa capacité à stimuler le système immunitaire (pour les vaccins pédiatriques, le premier essai clinique est d’abord réalisé sur des adultes). Ces tests pourraient commencer dès la fin 2023, pour une période de six mois environ. Pour mener à bien son programme, Vaxxel bénéficie des espaces, des équipements, du savoir-faire du laboratoire VirPath et de l’accompagnement de la société Transgène.

Des essais cliniques d’ici 3 ans ? L’enjeu d’un marché à 5 milliards d’€

Avant d’atteindre son objectif final, deux étapes clés sont prévues à court terme pour la start-up :
– qualifier le grade pharmaceutique de la production virale issue de la lignée DuckCelt®-T17
– vérifier la bivalence de la plateforme virale, c’est-à-dire montrer qu’elle est susceptible de prévenir aussi les infections dues à un deuxième virus respiratoire : le hVRS.

En effet, si la souche C-85473 de métapneumovirus a subi des opérations d’ingénierie génétique qui ont permis d’en atténuer la virulence, elle s’est vue dotée de nouveaux gènes la conduisant à exprimer un antigène *^(c) du virus synclinal humain (hVRS), le second virus responsable de la bronchiolite du nourrisson, lorsqu’elle se réplique*. La startup doit ainsi vérifier sur modèle animal que Metavac® apporte une protection face au hVRS. Si c’est bien le cas, la preuve de concept de la bivalence du vaccin sera apportée : le vaccin pourrait prévenir les infections causées par les deux virus respiratoires.

virus VRS vu sous microscope (taille réelle 200 nm) @ US CDC

Il existe une dizaine de projets de vaccin contre le VRS actuellement, tous au stade de phase 1. Si l’impact du hMPV sur la santé, auprès des tout petits notamment, est moindre par rapport à celui du hVRS, la concurrence y est moins rude. On compte un seul autre projet de vaccin en cours de développement contre le métapneumovirus humain (essai clinique de phase 1).  « La bivalence pourra constituer un argument de poids face aux industriels du vaccin lorsqu’il s’agira de les convaincre de prendre le relais pour le développer », commente Denis Cavert, si les résultats sont, comme attendus, au rendez-vous de 2024. S’ensuivraient alors les essais de phase 2 (tests permettant de définir les doses) et phase 3 (définition de l’efficacité du vaccin), puis, la phase d’industrialisation et de commercialisation du médicament.

Que représente le coût global du développement du candidat vaccin tel que celui de la start up lyonnaise ? « 9 millions d’€… environ », répond Denis Cavert. Une somme que le directeur général compte trouver grâce à des financements publiques nationaux et européens, et auprès d’institutions comme la fondation Melinda Gates. Un jeu qui en vaudrait la chandelle : l’estimation qu’il fait du marché auquel s’adresse son vaccin est de 5,7 milliards d’€ par an. L’équivalent d’un médicament « blockbuster » dans le jargon de l’industrie pharmaceutique.

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_{Notes :
(a) VirPath est un laboratoire sous tutelles de l’Institut national de recherche médicale (Inserm), de l’Université Claude Bernard Lyon 1, du Centre national de recherche scientifique (CNRS) et de l’Ecole nationale supérieur de Lyon (ENS Lyon)
(b) I-Lab est un concours organisé par le ministère de l’Enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation en partenariat avec Bpi France
(c) L’antigène produit par le vaccin vivant atténué est la protéine F qui permet au hVRS de fusionner avec les cellules qu’il infecte}

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         Encart

         Valoriser, innover, créer de la valeur : l’ADN de VirPath

Les scientifiques de VirPath, reclus dans leur laboratoire et la tête dans les étoiles ? Cette image naïve du chercheur n’a pas lieu d’être au sein des locaux du laboratoire lyonnais. Au cœur de la stratégie portée par son co-directeur, Manuel Rosa-Calatrava : mener une recherche intégrée avec des partenaires issus du monde académique et des milieux socio-économiques, y compris à l’international avec, pour objectif, la valorisation des travaux de recherche académique et leur transfert technologique vers la clinique et l’industrie pharmaceutique. Ainsi, depuis sa création, VirPath a constitué un portefeuille de 20 familles de brevets dont plusieurs ont déjà été licenciés.

Manuel Rosa Calatrava et Julia Dubois, fondateurs de Vaxxel @ Visée.A

L’émergence de Vaxxel, est un bel exemple illustrant la politique volontariste du laboratoire lyonnais : trois de ses quatre fondateurs sont les chercheurs à l’origine du vaccin innovant soit, Manuel Rosa-Calatrava, Guy Boivin et Julia Dubois, la jeune virologue dont les travaux de doctorat (menés en co-tutelle entre l’université de Lyon 1 et l’université Laval de Québec) sont à l’origine de la plateforme vaccinale Metavac®.

Trois start-up et une plateforme de recherche

« C’est dans cette démarche de création de valeurs et grâce à plusieurs financements, comme ceux de l’Agence nationale de la recherche (ANR) et de la région Auvergne-Rhône-Alpes, ainsi qu’au soutien appuyé des filiales de l’Université Claude Bernard Lyon 1 (Lyon Ingénierie Projet et EZUS) et de Pulsalys, l’incubateur et accélérateur Deep Tech de la région, que nous avons fondé trois start-up : Signia Therapeutics qui repositionne des médicaments pour de nouvelles indications thérapeutiques anti-infectieuses (notamment contre le SARS-CoV-2), VirHealth, spécialisée dans la désinfection microbiologique, et enfin Vaxxel ».

Parmi les outils créés par le laboratoire : VirNext, une plateforme de recherche technologique et contractuelle répondant aux besoins des industriels de la santé. Depuis janvier 2020, VirNext a permis d’évaluer plus de 200 molécules et anticorps dans différents modèles précliniques y compris animaux, et d’optimiser des vaccins viraux candidats. C’est avec cette plateforme qu’a été menée la première étude européenne d’évaluation d’épurateurs d’air en atmosphère contaminée par le SARS-CoV-2. Créatrice de valeurs scientifiques, technologiques et économiques, VirNext a rendu possible la pérennisation de plus de 20 emplois directs ces cinq dernières années.

PPour aller plus loin

• Mise au point d’un patch vaccinal contre la bronchiolite (visant le virus VRS), Le Figaro, 18/01/2013
• Développement d’un vaccin contre le virus VRS : un essai clinique à Paris, Pourquoi docteur ?, 14/11/2016
• Premières images du virus SARS-CoV-2 issues du laboratoire VirPath, Le Figaro, 26/04/2020
• Covid-19 : le laboratoire VirPath étudie le repositionnement de médicaments pour accélérer la mise à disposition de traitements, INSERM, 24/03/2020
• Le repositionnement de médicaments, un «recyclage» prometteur contre le Covid-19, Le Figaro, 26/06/2020