MMétatranscriptomique, la nouvelle frontière du diagnostic

Extraction automatisée des acides nucléiques sur la plateforme GENEPII, plateforme de génomique à visée diagnostique et épidémiologique des maladies infectieuses / ©HCL

À l’hôpital de la Croix-Rousse, sur la plateforme de séquençage génomique haut débit (GENEPII) de l’Institut des agents infectieux des Hospices Civils de Lyon (HCL), on traque l’ensemble des ARN d’un échantillon. Cette technologie d’avant-garde, utilisée en dernier recours, annonce le diagnostic de demain.

Tout commence par un patient dont les symptômes évoquent une maladie infectieuse. Après le premier examen clinique, plusieurs hypothèses étiologiques émergent et des échantillons sont prélevés. L’investigation commence. Si le micro-organisme suspect ne peut être cultivé, la PCR (réaction de polymérisation en chaîne) est utilisée, mais cette technique impose de cibler la recherche. Lorsque les résultats restent négatifs, la métatranscriptomique prend le relais. Aux HCL, le premier diagnostic de ce type remonte à fin 2022. Depuis, plus de cinquante analyses métatranscriptomiques sont réalisées chaque année, positives dans 5 à 10% des cas. Pour ces derniers, elles ont permis non seulement de soigner les patients, dont certains avec un pronostic vital engagé, et aussi de découvrir de nouvelles souches infectieuses. […]

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HOSPICES CIVILS DE LYON

Voir aussi : 

• Séquençage des variants du SARS-CoV-2 : les HCL en première ligne